Основными задачами комитета являются:
- разработка и реализация предложений по формированию государственной политики края в сфере охраны и рационального использования водных биологических ресурсов;
- формирование благоприятного инвестиционного и делового климата в рыбохозяйственном комплексе края, создание условий для развития конкуренции и повышения конкурентоспособности хозяйствующих субъектов в сфере рыбного хозяйства.
- координация в пределах своих полномочий деятельности организаций рыбохозяйственного комплекса края.

Комитет выполняет следующие функции:
- обеспечение целевого и эффективного использования бюджетных средств;
- привлечение средств из внебюджетных источников для реализации мероприятий в установленной сфере деятельности;
- организация разработки и реализации государственной политики края по вопросам использования и охраны водных биологических ресурсов, аквакультуры (рыбоводства), обеспечивающей максимальное удовлетворение потребностей населения края в рыбной продукции;
- организация и регулирование промышленного, любительского рыболовства, рыболовства в целях обеспечения ведения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока (далее –коренные малочисленные народы Севера) в пределах предоставленных краю полномочий;
- распределение в установленном порядке квоты добычи (вылова) водных биологических ресурсов во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, путем заключения договоров о закреплении доли квоты добычи (вылова) водных биологических ресурсов во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, для осуществления промышленного рыболовства, обеспечивает контроль за их исполнением;
- распределение в установленном порядке выделенные краю квоты добычи (вылова) водных биологических ресурсов для организации любительского рыболовства;
- организация в пределах компетенции края рассмотрения заявлений и принятие решения о заключении или об отказе в заключении договоров пользования водными биологическими ресурсами, общий допустимый улов которых не устанавливается, осуществление подготовки, заключения и расторжения данных договоров, обеспечение контроля за их исполнением;
- рассмотрение заявок и принятие решения о предоставлении или об отказе в предоставлении водных биологических ресурсов в пользование для осуществления рыболовства в целях обеспечения ведения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера, в том числе распределение в установленном порядке выделенные краю квоты добычи (вылова) водных биологических ресурсов в целях обеспечения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера;
- подготовка предложений по определению общих допустимых уловов применительно к квотам добычи (вылова) водных биологических ресурсов для организации любительского рыболовства и в целях обеспечения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера;
- подготовка предложений по определению Правительством края на территории края мест выгрузки уловов водных биологических ресурсов, добытых (выловленных) при осуществлении прибрежного рыболовства, в живом, свежем или охлажденном виде, живой, свежей или охлажденной рыбной продукции, произведенной на судах рыбопромыслового флота;
- распределение в пределах компетенции края объема части общего допустимого улова водных биологических ресурсов, утвержденного применительно к квоте добычи (вылова) водных биологических ресурсов (за исключением анадромных и катадромных видов рыб) во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, для осуществления промышленного рыболовства между лицами, с которыми заключены договоры о закреплении доли квоты добычи (вылова) водных биологических ресурсов во внутреннем водном объекте края (за исключением договоров, касающихся закрепления доли квоты добычи (вылова) анадромных и катадромных видов рыб);
- обеспечение в установленном порядке формирования, согласования и утверждения перечня рыболовных участков;
- обеспечение предоставления рыболовных участков в пределах полномочий органов государственной власти края;
- организация и проведение конкурсов на право заключения договоров пользования рыболовным участком для осуществления промышленного рыболовства в отношении водных биологических ресурсов внутренних вод Российской Федерации (за исключением внутренних морских вод Российской Федерации и за исключением анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб);
- организация и проведение конкурсов на право заключения договоров пользования рыболовными участками для организации любительского рыболовства в отношении водных биологических ресурсов, находящихся в собственности Хабаровского края и муниципальной собственности (за исключением анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб);
- организация и проведение конкурсов на право заключения договоров пользования рыболовными участками для осуществления рыболовства в целях обеспечения ведения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера в отношении водных биологических ресурсов внутренних вод Российской Федерации (за исключением внутренних морских вод Российской Федерации и территориального моря Российской Федерации, за исключением анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб);
- определение в пределах компетенции края границы рыбоводных участков во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, расположенных на территории края;
- направление в установленном порядке в Федеральное агентство по рыболовству документированную информацию для внесения в государственный рыбохозяйственный реестр;
- создание в пределах своей компетенции благоприятные условия для привлечения инвестиций, развития инвестиционной и инновационной деятельности в курируемых отраслях.